Комбинации диагностических горизонтов не позволяют отразить все многообразие почвенных свойств. Под влиянием различных факторов основные почвообразующие процессы могут проявляться с разной интенсивностью и накладываться друг на друга, определяя тем самым различные модификации строения и свойств диагностических горизонтов. Таким образом, почвы приобретают характеристики, которые служат важным дополнительным инструментом диагностики почв. Они отражают генетические связи между типами почв, специфику современных режимов, проявление прошлых стадий почвообразования и особенности агрогенной трансформации почв.

Такие качественные особенности генетических горизонтов, не нарушающие их основные диагностические показатели и потому не влияющие на идентификацию типов почв, рассматриваются как генетические признаки почв. Генетические признаки служат основанием для выделения подтипов почв.

Генетические признаки налагаются на центральный образ типа и образуют группы, отражающие особенности формирования почв. С известной долей условности можно различать:

 Переходные , которые позволяют выделить подтипы, являющиеся связующим звеном между типами и/или отделами.

 Процессные , отражают специфику миграции и аккумуляции веществ в связи с особенностями современных почвенных режимов.

 Эволюционные , отражают результаты естественной или антропогенной эволюции.

 Субстратные , связанные с поступлением в почву или на ее поверхность естественного или искусственного материала.

 Переходные признаки  отражают процессы и свойства, не характерные для данного типа и недостаточные для выделения соответствующего диагностического горизонта. Например, признаки оподзоливания и альфегумусового иллювиирования в профиле метаморфических почв, свидетельствуют о переходе к типам подзолистых почв и подзолов; признаки солонцеватости в профиле аккумулятивногумусовых почв - о переходе к типам солонцов, а признаки оглеения для всех "неглеевых" почв - к различным типам отдела глеевых почв и пр.

Группа  процессных признаков  отражает специфические процессы, не приводящие к формированию диагностических горизонтов. К ней прежде всего относятся признаки, связанные с внутригоризонтной миграцией и аккумуляцией оксидов железа в условиях временного переувлажнения. Процессы перераспределения железа могут приводить к локальной цементации, влияющей на водный режим, или к формированию конкреций, в которые концентрируется железо, что усиливает отбеливание элювиального горизонта. К этой же группе принадлежат признаки, связанные с миграцией и аккумуляцией гумусовых и гумусово-глинистых соединений, а также с формами карбонатных новообразований, отражающими особенности современных гидротермических режимов.

К группе процессных можно отнести признаки, вызванные естественными и антропогенными нарушениями профиля и внедрением минерального и органоминерального материала из верхних горизонтов в срединные.

Особые группы составляют признаки, связанные с эволюцией почв, прежде всего антропогенной, а также с поступлением в почву или на ее поверхность естественного или искусственного материала.

Генетические признаки в формуле почвенного профиля обозначаются строчными буквами латинского алфавита, располагаемыми справа от индекса диагностического горизонта. Если в почвах отсутствует срединный горизонт, а его место в профиле занимает подстилающая или почвообразующая порода, то в ее верхней части, как правило, проявляются слабые черты почвообразования, не достаточные, однако, для определения ее как горизонта. В этих случаях индекс генетического признака добавляется к индексу породы.

При необходимости обозначения нескольких генетических признаков, относящихся к одному диагностическому горизонту, соответствующие индексы разделяются запятыми. Исключение составляют две модификации альфегумусового горизонта (ВНF): иллювиально-гумусовые и иллювиально-железистые (ВН и ВF), которые приняты в качестве признаков, но при этом сохраняют свое обозначение прописными буквами. Признаки, обозначающие вложенный микропрофиль (субпрофиль) и второй гумусовый горизонт, заключаются в квадратные скобки.